令和8年9月より、労働基準監督署（労基署）による時間外労働の指導方法に大きな転換がありました。これまで一律に行われていた「1か月45時間以内への残業削減」を求める画一的な指導方法が見直されることになりました。

この報道を受け、「今後は残業に対する行政のチェックが緩和されるのではないか」と受け止める向きもありますが、実務上はむしろ慎重な配慮が必要です。

今回の見直しは、決して規制の緩和を意味するものではありません。その本質は、「法令を遵守している企業への一律の負担は軽減し、労務管理体制が不十分な企業に対して、より実効性の高い個別指導を行う」という方針への転換にあります。

今回は、厚生労働省から示された新しい指導方針の背景を踏まえ、すべての労務管理の基盤となる「36協定（時間外・休日労働に関する協定届）」について、企業が留意すべき実務上のポイントを解説いたします。

①令和8年9月、労基署の指導方針はどう変わったのか

これまでの定期監督等においては、36協定で「特別条項（45時間を超える残業）」を適正に結んでいても、月45時間を超える残業が発生している企業に対しては、一律に「1か月45時間以内に収めるように」という削減指導が行われる傾向にありました。

しかし、令和8年9月からの新方針では、この「一律45時間」という数値のみに着目した一斉指導が廃止されました。

今後は、残業時間という「数字」そのものよりも、「36協定で定めた『健康確保措置』を、会社が本当に実行しているか」という実態に主眼が置かれることになります。

法律上の残業上限（原則月45時間、特別条項があっても年720時間など）そのものは一切緩和されていません。変わったのは、労基署の指導方針が「一律の数値管理」から「実質的な健康確保の確認」へと高度化したという点です。

②行政の確認方針と実務上の留意点

では、具体的にどのような点がポイントになるのでしょうか。
36協定で月45時間を超える残業（特別条項）を可能にする際、企業は必ず「健康・福祉確保措置」という項目（医師による面接指導の実施、深夜業の回数制限、代休・休暇の付与など）を選択して届け出ています。今後は、この項目が形骸化していないかが重要な確認ポイントとなります。
実務上、特に留意すべき事由としては以下のようなケースが挙げられます。

①届出内容の形骸化
協定届に「一定時間を超えた社員には医師の面接指導を行う」等と記載しているにもかかわらず、実際にはその制度が社内で機能しておらず、単に45時間を超えて残業をさせているようなケース。

②労使間手続きの形骸化
特別条項を発動する（45時間を超える残業を命じる）際、あらかじめ協定内で定めた「労使間での事前協議」や「労働者代表への通告」といった所定の手続きを踏まないまま、長時間労働が常態化しているケース。

つまり、「45時間を超えたから一律に指導を受ける」のではなく、「45時間を超える場合のルール（健康を守る措置や労使間の手続き）が正しく運用されているか」という実態が見られることになります。

③36協定における実務上の「2つの盲点」

労基署のチェックが「実態重視」になるからこそ、労務管理の根幹をなす「36協定」そのものについて、実務上見落とされがちなポイントを再確認しておく必要があります。

労働基準法においては、大原則として「1日8時間・週40時間」の法定労働時間を超えて労働させてはならないと定められています。これを超えて従業員に時間外労働（または休日労働）を命じる際、その違法性を阻却する唯一の法的根拠となるのが36協定です。

定期的に届出を行っている企業であっても、以下の「2つの盲点」によって、協定そのものが無効と判断されるリスクが存在します。

① 労働者代表の選出プロセスの瑕疵（かし）
36協定は、会社と「労働者の過半数を代表する者」との間で締結しなければなりません。

• 使用者側が特定の社員を一方的に指名している
• 親睦会の幹事などの役職者が、そのまま自動的に代表者となっている
• 労働基準法上の「管理監督者」に該当する社員が代表になっている

上記のような方法で選出された代表者と締結した36協定は、法的に「無効」と判断される可能性が非常に高くなります。協定が無効となった場合、「36協定を未提出の状態で残業をさせていた」ものとして扱われるため、企業にとっては大きなリスクとなります。

② 有効期限の更新失念
36協定の有効期間は、1年間と定めているのが一般的です。そのため、毎年必ず内容を精査し、新しい協定書を労基署へ届け出る必要があります。「前年と内容に変更がないから自動更新される」という誤認や、業務の繁閑によっていつの間にか有効期限が切れていた（無協定状態になっていた）という事例は、実務上決して少なくありません。

④36協定の適正化を怠ることで生じる企業リスク

万が一、36協定が未締結、または有効期限が切れた状態で時間外労働を行わせていた場合、企業は以下のような実務上のリスクを負うことになります。

① 法令違反による企業信用の失墜
36協定の届出がない状態での時間外労働は、たとえ故意でなくとも労働基準法違反となります。労基署の調査（監督）において適正な手続きが確認できない場合、是正勧告の対象となり、企業の社会的信用やコンプライアンス体制が厳しく問われることになります。

② 人材の定着・採用への悪影響
近年の求職者や就労者は、労働環境や企業のコンプライアンスに対して非常に敏感です。36協定の更新や運用が曖昧であるという事実は、従業員のモチベーション低下を招くだけでなく、求職者から敬遠される要因となり、採用活動において不利に働くリスクがあります。

③ 労使間トラブルの長期化リスク
万が一、時間外労働をめぐって従業員との間に意見の相違が生じた際、前提となる法的手続き（36協定）が整っていなければ、会社側が正当な主張をすることが困難になります。結果として、労使間のトラブルが長期化・複雑化する原因となります。

⑤足元の労務管理を見直す契機に

令和8年9月からの労基署の指導方針見直しは、企業にとって「自社の労務管理体制が現在の基準に適応しているか」を改めて検証する、大変良い機会であると言えます。
「これまで大きな労務トラブルがなかったから」という過去の経験則に頼るのではなく、時代に合わせた「正しい手順」を実直に踏んでおくことこそが、結果として会社と大切な従業員を守る確実な防衛策となります。

• 自社の「労働者代表」の選出方法は、適切なプロセスを経ているか
• 36協定の有効期限および上限設定は適切であるか

少しでも確認が必要と思われる点がございましたら、事態が表面化する前に、早めに対策を講じることをお勧めいたします。

ほし社会保険労務士事務所では、今回の指導方針見直しに伴う36協定の再点検をはじめ、中小企業のみなさまが安心して本業に集中できる労務環境づくりを全面的にサポートしておりますので、どうぞお気軽にご相談ください。

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